Wenn die Weser die Lebensader Bremens ist, dann litt die Stadt im 19. Jahrhundert an akuter Gefäßverengung: Nach dem Ende der napoleonischen Besatzung und Kontinentalsperre florierte der Handel vor allem mit England und den USA, die Schiffe wurden immer größer und benötigten mehr Tiefgang. 1817 nahm das erste Dampfschiff, die 'Weser' den Verkehr zwischen Bremen und Brake auf - lief aber in Trockenzeiten trotz eines Tiefganges von nur einem Meter öfter auf Grund. Die Weser versandete immer weiter. Angebote von Ingenieuren, die Fahrrinne auszubaggern, bewerteten Senat und Bürgerschaft als zu teuer oder wenig Erfolg versprechend. So blieb man dabei, den Fluss durch Bauten zu verengen.

Mit der Gründung Bremerhavens 1827 verfügte die Hansestadt endlich wieder über einen eigenen Hafen für Hochseeschiffe, der auch recht schnell sehr erfolgreich wurde. Verträge von Guatemala über Persien, Siam, Sansibar bis Hawaii garantierten ein dichtes Handelsnetz auf allen bewohnten Kontinenten, ab 1847 verkehrte ein regelmäßiger Postdampfer in die USA. Der Norddeutsche Lloyd, zehn Jahre später gegründet, sollte Bremen zum Sitz einer der erfolgreichsten Reedereien der Welt machen.

Allerdings mussten Waren und Güter weiterhin mit Weserkähnen bis in die Stadt gebracht werden; nur kleinere Schiffe und der Binnenhandel wurden direkt abgewickelt. Die Weservertiefungen, 1863 bis 1865 und 1877/78, erlaubten bei Flut Schiffen bis 2,6 m Tiefgang die Fahrt bis Bremen. Allerdings verschlimmerten Verengung und Verlandung des Flusslaufes die Gefahr von Überschwemmungen, so dass es Weihnachten 1880 in Bremen und umzu 'Land unter' hieß.

Anfang der achtziger Jahre beschloss man, diese Probleme im großen Maßstab zu lösen: Mit der Weser-Korrektion und dem Bau neuer Freihäfen auf dem Gelände der Stephanikirchweide und in den stadtbremischen Häfen in Bremerhaven. Der Generalplan sah Investitionen von 34,5 Millionen Mark vor, von denen Bremen mehr als zwei Drittel trug, den Rest das Deutsche Reich. Nach heutigen Maßstäben eine Milliarden-Investition: Ein Arbeiter verdiente in dieser Zeit etwa 800 Mark im Jahr. Widerstände kamen nicht nur von Seiten der Bremer Kaufmannschaft, in der manche um die Rentabilität fürchteten; ebenso musste man sich mit den Anrainerstaaten Oldenburg und Preußen einigen.

Als erstes Becken wurde 1887 der heutige Europahafen fertiggestellt, 2.000 m lang, 120 m breit, mit Schwimmdock, Speichern, Schuppen und sonstiger Infrastruktur technisch auf der Höhe der Zeit. Dazu gehörten auch ein Eisenbahnanschluss, Kräne und eine elektrische Beleuchtung für das gesamte Gelände. Als Betreiber fungierte die Bremer Lagerhaus Gesellschaft (BLG). Diese bekam kostenlos die Hafenanlagen zur Verfügung gestellt und zahlte dafür im Gegenzug einen Anteil des Gewinnes an die Stadt zurück. Die Investition war von Anfang an ein großer Erfolg mit jährlichen Zuwachsraten von zehn, später sogar zwanzig Prozent. 1891 folgte der Holz- und Fabrikenhafen, der nicht mehr Zollfreigebiet war und so die Ansiedlung von produzierendem und verarbeitendem Gewerbe ermöglichte. Wie zum Beispiel die Rolandmühle (1897) und Kaffee Hag (1906). 1905 wurde der Werfthafen eröffnet, im Jahr darauf der Überseehafen. So endete nach über 700 Jahren der Hafenbetrieb an der Schlachte in der Innenstadt.

Freihäfen sind Gebiete, in denen Waren gelagert und umgeschlagen werden konnten, ohne dass dafür Zölle fällig werden. Ein entscheidender Vorteil für jedes Handelsunternehmen und jede Stadt, die dies den Unternehmen bieten kann - doch gab es innerhalb des Deutschen Reiches viele, die dieses Privileg der Hansestadt nicht zubilligen wollten. Letztendlich einigten sich Bremen und das Reich so, dass Bremen insgesamt 1888 dem deutschen Zollgebiet beitrat, die neuen Häfen aber Zollfreigebiete wurden, in denen Handel, doch keine Produktion erlaubt war. Alle Güter, die zum Handel geeignet waren, kamen hier per Schiff oder Bahn an und wurden in alle Welt umgeschlagen. Die größten Umsätze waren jedoch Baumwolle aus den USA, Kaffee und Kakao aus Brasilien sowie Wolle und Erze aus dem Baltikum.
Für die Weserkorrektion wurden Nebenarme mit Faschinen - Reisigbündel zwischen Pfahlreihen - geschlossen, die 'Lange Bucht' begradigt und der Flusslauf bis 1894 auf 5 m ausgebaggert.